[R] 피셔 정확 검정에서 workspace 부족 에러 해결 방법

[R] 피셔 정확 검정에서 workspace 부족 에러 해결 방법

 

피셔 정확 검정 (Fisher's exact test)을 R로 구현하다 보면 다음과 같은 에러가 뜰 때가 있다.

 

1)

  FEXACT error 6.  LDKEY=592 is too small for this problem,   (ii := key2[itp=867] = 369304672, ldstp=17760)

Try increasing the size of the workspace and possibly 'mult'

 

2)

 FEXACT error 40. Out of workspace.

 

이럴 때에는 workspace를 늘려주어야 분석이 가능해진다.

Fisher's exact test를 시행하는 R 코드에서 다음과 같이 (workspace=2e8) 혹은 (workspace=2e9), ...과 같은 argument를 추가해주면 구동될 '수도' 있다. Fisher's exact test를 시행하는 R코드는 다음 링크에서 확인할 수 있다. 2022.09.02 - [범주형 자료 분석/R] - [R] 피셔 정확 검정 - fisher.test()

*실습용 데이터는 아래 링크를 클릭하면 다운로드할 수 있습니다.

2022.08.04 - [공지사항 및 소개] - 분석용 데이터 (update 22.10.11)

분석용 데이터 (update 22.10.11)

 

 

코드를 보여드리기에 앞서 워킹 디렉토리부터 지정하고 데이터를 불러와 df에 객체로 저장하겠다.

워킹 디렉토리에 관한 설명은 다음 링크된 포스트에서 볼 수 있다.

2022.08.05 - [통계 프로그램 사용 방법/R] - [R] 작업 디렉토리 (Working Directory) 지정 - getwd(), setwd()

 

데이터 불러오는 방법은 다음 링크에서 볼 수 있다.

2022.08.05 - [통계 프로그램 사용 방법/R] - [R] 데이터 불러오기 : EXCEL - read_excel(), read.xlsx()

2022.08.10 - [통계 프로그램 사용 방법/R] - [R] 데이터 저장하기 : CSV 파일 - write.csv(), write_csv()

2022.08.10 - [통계 프로그램 사용 방법/R] - [R] 데이터 불러오기 : SAS file (.sas7bdat) - read.sas7bdat(), read_sas()

 

 

(workspace=2e8) 혹은 (workspace=2e9), ...과 같은 argument를 추가하여 코드를 실행해보겠다.

#작업 디렉토리 지정
setwd("C:/Users/user/Documents/Tistory_blog")

#데이터 불러오기
install.packages("readr")
library("readr")
df<-read_csv("Data.csv")

#피셔 정확 검정 시행하기
fisher.test(df$SEX, df$RH, workspace=2e8)

 

물론 우리의 데이터는 그렇게 크지 않아 workspace가 부족하지 않으며, workspace를 늘려줄 필요도 없다. 하지만 만약 여러분의 데이터로 피셔 정확 검정을 시행하던 차에 저런 문제가 생기는 경우 workspace를 늘려보기를 권한다.

 

[R] 피셔 정확 검정 workspace 에러 해결 방법 정복 완료!

 

작성일: 2022.11.10.

최종 수정일: 2022.11.10.

이용 프로그램: R 4.1.3

RStudio v1.4.1717

RStudio 2021.09.1+372 "Ghost Orchid" Release 

운영체제: Windows 10, Mac OS 10.15.7